Para configurar seu sistema para emitir documentos fiscais, sejam eles CT-e, MDF-e, NF-e, NFC-e ou NFS-e, o processo é o mesmo.
Vá até o menu Sistema > Configurações Fiscais > Emissores de Documentos
Selecione o tipo de documento que deseja configurar e clique em Editar
A tela de edição será conforme a imagem abaixo
1.GERAL
Preencha TODOS os campos conforme seu cartão CNPJ ou cadastro na Receita Federal.
2.DADOS E CERTIFICADO
Número de série: Informe o número de série a ser utilizado na emissão.
Último número: Informe o último número emitido neste tipo de documento com a série selecionada, o sistema emitirá nessa próxima sequência.
Ambiente: Pode ser uma das duas opções, Homologação (testes) e Produção (Emissão real).
Certificado Digital: Selecione seu arquivo de Certificado Digital modelo A1 para ser importado pelo sistema.
Data de Vencimento: O sistema preencherá automaticamente a data de vencimento com os dados lidos a partir do seu certificado digital. 
3.CONTADOR
Preencha os campos para que o sistema envie automaticamente os documentos todo dia 1 para seu contador.
4.OUTRAS DEFINIÇÕES
São informações predefinidas para preenchimento neste parâmetro.
Clique em Atualizar/Gravar para salvar as alterações.